เมื่อท่านอายุได้ ๑๓ ปี โยมบิดาท่านได้ถึงแก่กรรม โยมป้าของท่านจึงนำไปฝากกับพระปลัด ทอง ณ วัดกลาง ซึ่งในสมัยนั้นมีชื่อว่า “วัดคงคาราม” (ชื่อเก่าของวัดกลางบางแก้ว)ปากคลองบางแก้ว นครชัยศรีนับเป็นวาสนาของท่านโดยแท้เพราะพระปลัดทององค์นี้เป็นเถระที่เชี่ยวชาญวิปัสสนากัมมัฏฐานและพระเวทย์วิทยาคมเป็นที่นับถือของชาวนครชัยศรีอย่างมาก ครั้นเมื่อท่าน อายุได้ ๑๕ ปี พระปลัดทองจึงทำการบรรพชาให้เป็นสามเณรและได้อบรมสั่งสอนวิชาความรู้ต่างๆ ให้
ครั้นต่อมาใน วันที่ ๒๑ มิถุนายน พ.ศ.๒๔๑๒ ท่านได้เข้าอุปสมบท ณ พัทธสีมา วัดกลางบางแก้ว โดยมีพระปลัดปาน วัดตุ๊กตาเป็นพระอุปัชฌาย์พระปลัดทอง วัดกลางเป็นพระกรรมวาจาจารย์ และพระอธิการทรัพย์วัดงิ้วราย เป็นอนุสาวนาจารย์ พระครูปริมานุรักษ์ วัดสุประดิษฐานราม และพระอธิการจับ เจ้าอาวาสวัดท่ามอญร่วมกันให้สรณาคมน์กับศีลและสวดกรรมวาจา เมื่ออุปสมบทแล้วได้ฉายาว่า “ขนฺธโชติ” และได้พำนักจำพรรษาอยู่วัดที่วัดกลางบางแก้ว
ด้านวิปัสสนากัมมัฏฐานและพุทธาคมต่างๆนั้นมีหลวงปู่บุญท่านศึกษากับพระปลัดปานวัดตุ๊กตาผู้เป็นพระอุปัชฌาย์ท่าน ส่วนสรรพวิชาต่าง ๆ นั้นเท่าที่ทราบจากคนเฒ่าคนแก่ลูกศิษย์ที่ใกล้ชิดท่านต่างพูดเป็นเสียงเดียวกันว่าท่านได้ศึกษามาจากหลายสำนักทั้งในลักษณะการแลกเปลี่ยนวิชาซึ่งกันและกันและฝากตัวเป็นศิษย์โดยเฉพาะในช่วงที่ท่านออกเดินธุดงค์ไปตามสถานที่ต่างๆนั้นน่าจะเป็นช่วงที่ท่านได้ศึกษาเพิ่มเติมอย่างเต็มรูปแบบที่สุดนอกจากี้นี้แล้วท่านได้รวบรวมสรรพคัมภีร์โบราณหลายอย่างของสมเด็จพระวันรัตวัดป่าแก้วที่เก็บรักษาเอาไว้ที่วัดประดู่ทรงธรรมต่อมาเกิดไฟไหม้ท่านจึงนำมาเก็บรักษาไว้ที่วัดกลางบางแก้วส่วนหนึ่ง (โปรดติดตามต่อในฉบับที่หน้า)