
ต่อมาเมื่อนายทองอยู่มีอายุครบบวช ก็กราบบังคมทูลลาอุปสมบท แล้วมาจัดการบ้านเรือนและปลูกปะรำคาดผ้า กว่าจะแล้วเสร็จก็เป็นเวลา ๕ ทุ่มเศษ ก็ชวนบ้าวไพร่ที่ช่วยงานลงอาบนํ้าที่ทำหน้าบ้าน โดยมิได้คิดว่าจะมีมารมาผจญ อาบนํ้ากันอยู่หลายคนก็จริง แต่นายทองอยู่คงจะอยู่ห่างจากคนอื่น พวกบ่าวไพร่ก็คงจะแยกไปจับกลุ่มอยู่ห่างๆ ขณะนั้นมีจระเข้ตัวหนึ่งเข้าไปคาบเอานายทองอยู่ว่ายนํ้าหนีไป พวกบ่าวไพร่แลเห็นเช่นนั้นก็ร้องโวยวายเอะอะขึ้น แล้วรีบขึ้นเรือนไปแจ้งให้พระยาพิทักษ์ฯ ทราบ พระยาพิทักษ์ฯ ก็รีบนำความกราบบังคมทูล พระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๒ ทรงมีพระราชดำรัสสั่งให้ปิดปากคลองบางลำพูโดยเร็ว และมีพระราชดำรัสสั่งให้มารายงานได้ทุกเวลา
ขณะเมื่อจระเข้คาบนายทองอยู่ไปนั้น นายทองอยู่มีสติดีมากไม่ตกใจจนทำอะไรไม่ถูก ตามคำที่นายทองอยู่เล่าในภายหลังว่านายทองอยู่จับก้อนขี้หมา ซึ่ง เป็นปุ่ม เหนือปลายปากบนของจระเข้ไว้แน่น พร้อมกับคิดถึงการบวช และภาวนาพระอรหังเป็นที่พึ่งตลอดเวลา จะเป็นด้วยกุศลผลบุญอย่างไรไม่ทราบได้ จระเข้ได้แต่ว่ายทื่อไปตามผิวนํ้าจมไม่ลง นายทองอยู่จึงหายใจได้สะดวกไม่สำลักนํ้า
จระเข้คาบนายทองอยู่ว่ายน้ำออกมาถึงหน้า วัดบางลำพู ปากคลองรอบกรุง มันก็วางร่างของนายทองอยู่ลงที่ชายเลน พอนายทองอยู่ขยับตัวจะหนี มันก็เข้ามาคาบไว้อีก นายทองอยู่จึงทำนิ่งไม่กระดุกกระดิก มันก็วางไว้ตามเดิม นายทองอยู่รอให้มันถอยห่างออกไปประมาณวาเศษ ก็รวบรวมกำลังเสือกตัวขึ้นตลิ่งได้ ในเวลานั้นเป็นเวลาดึกเที่ยงคืนแล้ว ผู้คนต่างปิดประตูเรือนเข้านอน
กันหมด เงียบไปทั้งคลอง
นายทองอยู่ต้องเดินเปลือยกายมาตั้งแต่หน้าวัดบางลำพูจนถึงบ้านสนามควายก็พบแต่ความเงียบ เพราะเมื่อพระยาพิทักษ์ฯกลับจากการปิดคลองบางลำพูมาถึงบ้าน

เห็นหมดหวังที่จะตามหาบุตรชาย ก็คิดจะเข้านอน จึงให้สาวใช้ไปปิดประตูนอกชานให้เรียบร้อย ก็เป็นเวลาที่นายทองอยู่ขึ้นบันไดมายืนอยู่ตรงประตูสาวใช้เห็นก็ตกใจ ร้องวุ่ยวายขึ้นว่า ผีพ่อทองอยู่มาแล้วเจ้าข้า
พระยาพิทักษ์ฯ ได้ยินเสียงร้องของสาวใช้ก็ออกไปดู พอเห็นหน้าลูกก็ดีใจเข้าไปประคองกอด พอเข้ามาในเรือน ก็ให้เอาผ้าชุบนํ้ามาเช็ดล้างโคลนเลนและเลือดออก แล้วจึงเอาผ้าผูกพันบาดแผลเพื่อห้ามเลือดไว้ก่อน
สรุปว่านายทองอยู่ไม่ตาย และได้รับราชการต่อมา จนได้เป็นหลวงกระยาหาร แล้วไปตายในสงครามกับญวน ในสมัยรัชกาลที่ ๓ ที่เล่าเรื่องนายทองอยู่ ก็เพื่อแสดงให้เห็นว่า คลองรอบกรุงในสมัยแรกยังมีนํ้าขึ้นนํ้าลงเช่นเดียวกับแม่นํ้าเจ้าพระยา เมื่อนํ้าในแม่นํ้าเจ้าพระยาลด นํ้าในคลองรอบกรุงก็ไหลออก เมื่อนํ้าในแม่นํ้าเจ้าพระยาไหลขึ้น นํ้าก็ไหลเข้าคลองรอบกรุง ทำให้นํ้าหมุนเวียนไม่สกปรก เป็นการรักษาคลองตามธรรมชาติ