อาจจะเป็นด้วยบุญกุศลของหลวงปู่ศุขกับเสด็จในกรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ พระบิดาแห่งราชนาวีที่ได้สร้างกุศลสมภารร่วมกันมาแต่อดีต ดลบันดาลให้เสด็จในกรมฯ ทรงศรัทธาเลื่อมใสในทางพุทธาคมอยู่ ได้พบกับหลวงปู่ศุขและมีอัธยาศัยเป็นที่ต้องกัน จึงได้กลายเป็นเป็นศิษย์-อาจารย์กัน ในภายหลังหลวงปู่ศุขท่านได้รับสมณศักดิ์เป็นพระครูวิมลคุณากร ดำรงตำแหน่งเจ้าคณะแขวงองค์แรกของอำเภอวัดสิงห์ จังหวัดชัยนาท
การศึกษาพุทธาคมในสายของหลวงปู่ศุขนั้นค่อนข้างจะพิสดาร จากคำบอกเล่าของหลวงพ่อมหาโพธิ์สมัยที่ท่านยังมีชีวิตอยู่ได้เล่าให้ฟังว่า พระสมุห์กลับซึ่งเป็นศิษย์ตัวของหลวงปู่ศุขได้พูดถึงการร่ำเรียนวิชาของหลวงปู่ศุขว่า ครูบาอาจารย์ของหลวงปู่บางท่านนั้นเป็นพระสงฆ์ที่ลึกลับ ในครั้งใดที่หลวงปู่ศุขเกิดติดขัดด้านวิชา ท่านก็จะจัดดอกไม้ธูปเทียน ในพานก็จะมีสมุดเปล่าๆ เล่มหนึ่ง เมื่อท่านจุดธูปอัญเชิญครูบาอาจารย์ ท่านจะมีพระสงฆ์ชราเดินมายังที่บูชาเอามือตบลงบนสมุดเปล่าที่วางอยู่ จากนั้นจะเดินหายไปอย่างรวดเร็ว เมื่อเปิดออกดูสมุดที่เคยว่างเปล่าก็จะมีเลขยันต์ต่างๆ เขียนไว้เต็มเล่ม อีกประการหนึ่งเท่าที่ทราบหลวงปู่ศุขกับหลวงพ่อเงินวัดบางคลานน่าจะเคยเรียนวิชาร่วมสำนักกัน เพราะในคราวที่หลวงปู่ศุขแนะนำให้เสด็จในกรมฯ ไปศึกษากับหลวงพ่อเงิน แสดงว่าท่านต้องมีความคุ้นเคยกัน อีกอย่างเท่าที่ทราบวิชาที่หลวงปู่ศึกษานั้นมีมากจริงๆ เล่ากันว่าเวลาที่ท่านไหว้ครูท่านใช้บายศรีเป็นกองเท่าภูเขาย่อมๆ ทีเดียว แสดงว่าท่านร่ำเรียนมามากจริงๆ วิชาที่ท่านเรียนเรียกว่าวิชาอิติปิโส ๘ ภาค หลวงปู่ท่านสำเร็จ ๔ ภาค ศิษย์ในรุ่นต่อๆ มาไม่เคยมีใครสำเร็จเกิน ๒ ภาคเลย ปัจจุบันเท่าที่เห็นมีเพียงตำราภาค อิ เท่านั้น